Topraktaki organik karbonun kaybı, atmosfere karbondioksit salımının ötesinde tarımsal üretimin fiziksel, suyla ilgili ve biyolojik işleyişini etkileyen bir süreç olarak ele alınıyor. Kaynağa göre karbon; toprak agregatlarının oluşumu ve stabilitesi, suyun sızması ve tutulması, gözeneklilik ile mikrobiyal topluluklara kaynak sağlanması açısından önemli işlevler üstleniyor. Karbonun azalması bu işlevleri zayıflatabiliyor.
Organik madde kaybı, toprağın ısı kapasitesi, nemi ve yapısında değişikliklere yol açabiliyor. Özellikle bozunmuş ve kuru topraklarda yüzey sıcaklıkları yükselebilir ve sıcaklık dalgalanmaları artabilir. Ancak kaynak, toprağın yerel sıcaklığındaki değişimlerle küresel ısınmanın birbirinden ayrılması gerektiğini vurguluyor. Karbon kaybı karbondioksit salımı yoluyla iklim değişikliğine katkıda bulunabilirken, nem, örtü ve yapıdaki değişiklikler toprağın ısınıp soğuma biçimini etkiliyor.
Karbon miktarındaki düşüş; sıkışma, erozyon, yüzey akışı ve su depolama kapasitesinde azalmaya neden olabilir. Tarımsal açıdan bu durum su kullanımında verim kaybı, kuraklık ve şiddetli yağışlara karşı daha yüksek kırılganlık, mikrobiyal yaşam alanlarının bozulması ve besin maddelerini geri dönüştürme kapasitesinin zayıflaması anlamına gelebilir. Etkilerin toprak türü, besin durumu, nem, pH, doku ve yönetim biçimine göre değiştiği belirtiliyor. Kaynak ayrıca toprak mikrobiyomunu ve mikroorganizmalarla bitkiler arasındaki RNA temelli iletişimi araştırılması gereken alanlar arasında gösteriyor.